O balanço final revelou a excelência da produção científica brasileira, com apenas 3,5% dos cursos reprovados pelo MEC. Para além dos números e do ranking, os procedimentos adotados pela Capes deveriam servir de base para outras avaliações do ensino no Brasil. Os cursos de pós-graduação reprovados, por exemplo, só serão divulgados após a fase dos recursos, evitando, assim, uma exposição pública sem direito à defesa. Ao contrário de outras avaliações, que geram muito barulho, mas não resultam em coibir o funcionamento de cursos ruins, o Capes regularmente descredencia mestrados e doutorados com fraco desempenho. Já nos cursos de graduação, nunca uma faculdade foi fechada por reprovar em exames oficiais. Se houvesse uma avaliação das avaliações, certamente a do Capes receberia o conceito máximo.
